อาณาจักรเขมรโบราณ (อังกอร์) เคยรุ่งเรืองจริงในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 9-13 และมีอิทธิพลต่อพื้นที่แถบอีสานตอนล่างของไทยในปัจจุบัน เช่น สุรินทร์ บุรีรัมย์ ศรีสะเกษ พิมาย พนมรุ้ง เป็นต้น แต่พื้นที่เหล่านี้มิได้เป็น “ศูนย์กลาง” ของอาณาจักรเขมร และไม่ได้เป็นต้นกำเนิดของชาติไทยในภาพรวม
แต่มีที่มาจากกลุ่มชนพูดภาษาไทจากยูนนาน ที่ได้อพยพลงมาสู่ลุ่มแม่น้ำเจ้าพระยาและสร้างเมืองสุโขทัยขึ้นเมื่อราวปี พ.ศ. 1800 ซึ่งเป็นรัฐเอกราชของคนพูดภาษาไท ดังนั้นการเกิดขึ้นของอาณาจักรสุโขทัย จึงถือเป็นจุดกำเนิดของรัฐไทยที่มีอัตลักษณ์ของตนเอง และพัฒนาต่อมาเป็นอยุธยา ธนบุรี และรัตนโกสินทร์
นอกจากนี้ ภาษาไทยและภาษาเขมร ยังอยู่ในคนละตระกูล โดยภาษาไทยอยู่ในตระกูล ไท-กะได (Tai–Kadai) ส่วนภาษาเขมรอยู่ในตระกูล มอญ-เขมร (Austroasiatic) โครงสร้างทางเสียง คำศัพท์พื้นฐาน และระบบไวยากรณ์ต่างกันโดยสิ้นเชิง
และยังมีงานวิจัยจีโนมมนุษย์ยุคใหม่ เช่น He et al. (2020), Kutanan et al. (2021) แสดงว่า ชนกลุ่มไท/ไทยมีต้นกำเนิดจากการอพยพของกลุ่มพูดภาษาไทจากตอนใต้ของจีน และเกิดการผสมกับประชากรพื้นเมืองในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ กล่าวคือ “คนไทย” มีหลายรากทางพันธุกรรม ไม่ได้สืบเชื้อสายจาก “คนเขมร” โดยตรง
รวมถึงหลักฐานทางพงศาวดารทั้งไทยและเขมรระบุว่า ตั้งแต่สมัยสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 2 (อยุธยา) จนถึงสมัยรัชกาลที่ 4 (รัตนโกสินทร์) กัมพูชาอยู่ภายใต้การอุปถัมภ์และอิทธิพลของไทยรวมแล้วนานกว่า 400 ปี โดยมีช่วงเวลาที่เขมรส่งเครื่องราชบรรณาการแก่กรุงศรีอยุธยาและกรุงเทพฯ และบางช่วงก็อยู่ในฐานะประเทศราชของไทย (เช่น สมัยสมเด็จพระนารายณ์ มีกษัตริย์เขมรได้รับการแต่งตั้งจากอยุธยา) ต่อมาในคริสต์ศตวรรษที่ 19 ฝรั่งเศสได้เข้ามาครอบครองอินโดจีน และ กัมพูชาอยู่ภายใต้การปกครองของฝรั่งเศสกว่า 80 ปี (พ.ศ. 2406–2496) จึงเป็นช่วงเวลาที่ยาวนานที่กัมพูชาไม่มีอธิปไตยเต็มรูปแบบ
ดังนั้น การอ้างว่า “ไทยเกิดจากเขมร” ย่อมขัดกับข้อเท็จจริงว่า เขมรเองก็อยู่ภายใต้อิทธิพลของไทยและมหาอำนาจยุโรปมาอย่างยาวนานหากไทย “เกิดจากเขมร” จริงตามที่อ้าง กัมพูชาย่อมต้องมีความมั่นคง เจริญรุ่งเรือง และมีอิทธิพลต่อไทยอย่างต่อเนื่อง แต่ในความเป็นจริง ลำดับเหตุการณ์ทางประวัติศาสตร์แสดงตรงกันข้าม ไทยกลับเป็นฝ่ายขยายอำนาจ มีศิลปะ ภาษา และวัฒนธรรมที่พัฒนาเป็นเอกลักษณ์ของตนเองตั้งแต่ศตวรรษที่ 13 เป็นต้นมา
