เมล็ดแอปเปิลมีสารประกอบชื่อ อะมิกดาลิน (amygdalin) ซึ่งสามารถเปลี่ยนเป็น ไฮโดรเจนไซยาไนด์ (hydrogen cyanide) ที่เป็นพิษได้เมื่อสัมผัสกับเอนไซม์ในระบบย่อยอาหาร อย่างไรก็ตาม การเผลอกลืนเมล็ดแอปเปิลลงไปทั้งเมล็ดนั้น ไม่เป็นอันตรายเนื่องจากเปลือกหุ้มเมล็ดที่แข็งแรงจะป้องกันการย่อยสลาย ทำให้เมล็ดถูกขับออกจากร่างกายไปพร้อมกับกากอาหาร
การบริโภคเมล็ดแอปเปิลในปริมาณที่อาจเป็นอันตรายถึงชีวิตนั้นเป็นไปได้ยากมากในชีวิตประจำวัน โดยทั่วไป ปริมาณไฮโดรเจนไซยาไนด์ที่อาจเป็นอันตรายถึงชีวิตสำหรับผู้ใหญ่คือต้องเคี้ยวหรือบดเมล็ดแอปเปิลประมาณ 150 ถึง 200 เมล็ด ในครั้งเดียว จึงจะได้รับไซยาไนด์ในปริมาณที่อาจเป็นอันตรายถึงแก่ชีวิตได้ ซึ่งเทียบเท่ากับการกินแอปเปิลประมาณ 18-20 ลูกในมื้อเดียว ดังนั้น การเผลอเคี้ยวเมล็ดแอปเปิลไปเพียงไม่กี่เมล็ดจึงไม่ก่อให้เกิดอันตรายร้ายแรงต่อร่างกาย