คาเฟอีนมีผลโดยตรงต่อการทำงานของลำไส้ โดยจะไปกระตุ้นให้กล้ามเนื้อลำไส้บีบตัวเร็วขึ้น ผ่านการหลั่งฮอร์โมนบางชนิดและการกระตุ้นระบบประสาท ทำให้บางคนรู้สึกอยากขับถ่ายเร็วขึ้นหลังดื่มกาแฟไม่นาน จึงอาจช่วยบรรเทาอาการท้องผูกได้บ้าง แต่ก็ไม่ใช่วิธีรักษาโดยตรง
อย่างไรก็ตาม คาเฟอีนไม่ได้เป็นมิตรกับทุกคน โดยเฉพาะผู้ที่มีโรคลำไส้แปรปรวน (IBS) หรือโรคลำไส้อักเสบเรื้อรัง (IBD) เพราะการกระตุ้นที่มากเกินไปอาจทำให้เกิดอาการท้องเสีย ปวดเกร็ง หรือรู้สึกไม่สบายท้องได้ โดยเฉพาะเมื่อดื่มในปริมาณมากหรือขณะท้องว่าง
สรุปคือ คาเฟอีนมีทั้งข้อดีและข้อควรระวังต่อระบบขับถ่าย — ช่วยกระตุ้นการเคลื่อนไหวของลำไส้ได้ในบางคน แต่สำหรับผู้ที่มีปัญหาเกี่ยวกับลำไส้ ควรดื่มอย่างระมัดระวังหรือปรึกษาแพทย์ก่อนการรับประทาน
