การใช้ยาปฏิชีวนะไม่ได้ทำให้เกิดการติดเชื้อราโดยตรง แต่หากใช้ยาไม่ถูกต้องหรือใช้บ่อยเกินความจำเป็น จะทำให้ฤทธิ์ของยาไปทำลายแบคทีเรียประจำถิ่น ทำให้เชื้อรามีการปรับตัวและพัฒนาจนเกิดการเจริญเติบโต ส่งผลให้ภูมิคุ้มกันต้านทานโรคลดลงจนก่อให้เกิดการติดเชื้อได้ โดยเฉพาะเชื้อราที่มีเป็นปกติในเยื่อเมือกและที่ผิวหนัง จะแข็งแรงขึ้นจนก่อให้เกิดการติดเชื้อ เช่น เกิดภาวะช่องคลอดอักเสบ (ภาวะช่องคลอดอักเสบจากเชื้อแบคทีเรีย) หรือท้องเสีย เป็นต้น
ยาปฏิชีวนะทุกชนิดมีผลข้างเคียงเสมอ การรับประทานยาที่มากหรือน้อย ขึ้นอยู่กับชนิด ขนาด และวิธีกินยา และยังขึ้นอยู่กับความไวของร่างกายแต่ละคนต่อยาด้วย ผลข้างเคียงจากยาปฏิชีวนะที่พบบ่อย เช่น ท้องเสีย ผื่นคัน ลมพิษ และ โรคหืด ดังนั้น การใช้ยาปฏิชีวนะต้องอยู่ภายใต้คำแนะนำของแพทย์หรือเภสัชกร เพื่อป้องกันผลข้างเคียงและภาวะดื้อยา
รู้ทัน ช่วยกัน ยับยั้งข่าวปลอม